Öncelikle diş kisti ameliyatı için gerekli bütün radyolojik testler yapılır. Ardından hastaya dişlerinde varsa yaşayacağı kayıplar hakkında bilgi verilir. Diş kisti ameliyatı tıpkı diş çekimi yapılırken olduğu gibi lokal anestezi uygulayarak yapılır. Eğer kist büyük ise, genel anestezi uygulanır. Ameliyat esnasında dişler kurtarılacak durumda değil ise, dişler çekilir ve kistli bölge çıkartılır. Kist dişlere zarar vermediyse, damaktan kesik atılarak kiste ulaşılır. Önce kistin içinde bulunan sıvı boşaltılır. Daha sonra ise, kist çıkartılır. Kistin çıkarıldığı bölge, temizlenir ve kistin çıkartılmasından dolayı oluşan boşluk estetik açıdan rahatsız edecek büyüklükte ise, kemik tozu gibi maddelerle doldurulur ve dikiş atılır. Kist küçük ise, oluşan boşluk zaman içerisinde kendiliğinden dolacaktır.
Diş ameliyatından sonra, hastanın iyileşme süresi diş çektirmiş birinin süresi kadardır. Yani hastanın başka bir sağlık sorunu yoksa, birkaç gün içinde eski yaşantısına dönebilir. Sadece bir kaç gün sıvı gıdalar ile beslenmek zorunda kalacaktır. Herhangi bir ağrı olması söz konusu değildir. Diş kisti ameliyatından sonra 3 ayda bir film çektirerek, yeniden kist oluşup oluşmadığı kontrol edilmelidir. Özellikle başarılı geçmeyen operasyonlar diş kistinin tekrar etmesine neden olmaktadır.